本院創建之初，眼科隸屬於外科部， 1975年獨立， 1989年升格為部。多年來除了經歷白內障手術的發展， 1976年完成全國第一例人工水晶體植入手術，成為國內引進、建立眼底螢光攝影術與眼病理診斷的醫學中心之一，並以獨步全國之視網膜手術聞名國際。除了一般眼科門診外，另設有角膜、葡萄膜炎、眼矯形重建、眼肌神經、青光眼及視網膜等專科特別門診，以長期追蹤患者。4間手術房與最先進之各項手術檢診儀器，包括白內障晶體乳化、眼內雷射手術、玻璃體視網膜切吸手術等儀器，施行精密之眼科顯微手術。另有氬氣、雅克、PASCAL 波形掃描雷射等各型雷射治療儀、電腦視野檢查儀、眼底螢光血管攝影儀、光學共軛掃描儀(OCT)、視覺誘發電位、眼內超音波掃描和人工水晶體測量儀(I OL master )等設備，提供臨床診斷治療利器。2023年1月3日，設立雷射屈光手術中心引進專業最高階雷射機器–SMILE Pro全飛秒近視雷射。
本部亦於石牌地區進行眼疾流行病學研究，除了回饋社區外，也發表多篇研究論文於世界知名眼科學期刊，建立屬於本土的臨床資料庫。藉由積極參與國際會議及定期選派醫師出國進修，眼科部一直將「與國際接軌」作為臨床治療與基礎研究的目標，期能提供榮民及民眾最佳品質的醫療服務。
節錄自臺北榮總書冊簡介