醫學教育
本院為國家級醫學中心，肩負服務、教學及研究三大任務。優質的臨床教學是培植未來專業醫事人才的關鍵，故設立教學部，以提升本院及全國臨床教學品質。
教育訓練發展
1959年9月，行政院核定本院為國防醫學院教學醫院之一，並由國防部訂頒國防醫學院與榮民總醫院學術研究互相支援辦法及軍醫人員選調榮民總醫院服務辦法。本院籌建，係委託國防醫學院院長兼榮民總醫院首任院長盧院長致德主持策劃，以國防醫學院各科專才擔當醫院設計工作主力，並兼任榮總各部門主管及主要人員，又移置教學研究建設於榮總，猶如兩院一體。建院初始，即與國防醫學院體系從此建立長達數十年之合作關係。
1975年7月，國立陽明醫學院正式成立。於1977年12月，經教育部核准簽訂本院與國立陽明醫學院合作實施要點，明訂本院為陽明醫學院之教學醫院。陽明醫學院於1994年改制為陽明大學，仍與本院維持密切之合作關係，在教學方面本院成為其最主要的教學醫院實習場所，許多醫師成為其專任教職，長期貢獻於醫學教育，並發展出全國醫學院校創新之PBL教學制度。
臺北榮民總醫院與國立陽明醫學院第一屆教學研習營暨小班教學研習營
重視臨床醫學教育及創新教學
1997年，為協助陽明大學醫學系發展PBL教學及醫學人文教育，於本院醫學教育委員會下成立教學改進小組，並於教研經費項下撥出部份，鼓勵教職同仁申請教學計畫研究，進行醫學教育改革。
2003年2月本院成立臨床技術訓練中心，提供模擬教學，充實電腦多媒體教材，讓醫護及醫技學生在接觸病人之前有機會練習各種臨床技術，避免將病人當成練習對象之情形，減少醫療失誤之發生機率。另一方面，設置多間的小組討論教室，提供陽明大學做PBL小組教學及其他小組教學用途。
2005年為表彰終身致力於醫學教育之主治醫師，特設立終身榮譽之「醫教奉獻獎」，每年由全院醫師中選出一位「醫學教育典範」。
醫療及教學合作之發展
於1980年間，除與國立臺北護理專科學校簽訂建教合作實施要點草案外，陸續與其他各級醫院建立合作關係，如1984年與財團法人臺灣省台南市逢甲醫院簽約締結為姊妹醫院，同年應省立彰化、宜蘭、花蓮醫院及高雄市立民生醫院等之請，簽訂建教合作合約等。隨著醫院評鑑對醫學中心提昇基層醫療水準的要求越來越高，本院與各醫療機構的建教合作家數及內容亦越趨多樣。至2016年，與本院建教合作醫療機構已達七十餘家，合作內容包括：人員進修訓練、住院醫師聯合訓練、學術交流、研究合作、醫師醫療支援、轉診轉檢等。
1997年，本院與台大醫院建立建教合作，國內兩大龍頭醫院摒棄競爭心態，攜手合作於教學研究，為當年度醫界盛事，媒體大幅報導。2007年起，雙院合作進行多項研究計畫，並於2008年發表多項初步成果，至今未衰。