本院臨床毒物科之籌設始於1983年，創始人鄧昭芳醫師有鑑於臨床毒物防治工作之重要性和複雜性，必須借重歐美先進國家之經驗與制度，建立本國毒害防治體制，以團隊整體力量參與，始克有效。經鄧醫師以書面報告建議院長鄒濟勳醫師，早日投下心血及預算，設立毒藥物防治中心，培養專業諮詢師及檢驗人才，以強化諮詢及檢驗功能等；嗣後於1985年1月正式成立「臨床毒物科」，隸屬於內科部，同時設有毒藥物實驗室。同年7月起獲衛生署(今衛生福利部前身)補助開始「臨床毒藥物諮詢中心發展作業計劃」。1986年2月成立「行政院衛生署暨台北榮民總醫院毒藥物防治諮詢中心」，開始對國內民眾及醫界服務，同年6月開放全天候二十四小時電話諮詢服務，為亞洲各國中最早成立毒藥物電話諮詢的國家。1986年起開設住院病床六張，1987年3月起擴充至十床。毒藥物防治諮詢中心設立之目標包括1.利用全國性的臨床毒藥物防治諮詢中心，提供中毒處置之緊急諮詢，協助診斷(含鑑別診斷)、治療及轉診；2.培訓毒物防治人才；3.中毒案件之登錄、收集、分析與整理，以提供國內「毒藥物防治」之進一步發展；4.特殊案例之及早發現與預警通報；5.積極與各國之毒藥物防治諮詢中心聯繫、交流，並提升我國之形象與毒藥物防治品質；6.本土毒藥物資料庫的建立。臨床毒藥物防治諮詢中心經過30多年的努力，除了全年無休提供服務並成功搶救國內眾多中毒病人外，也早已成為國內，乃至於亞洲首屈一指的毒物中心及毒藥物檢驗單位，吸引國內外不少醫療機構紛紛派員到臨床毒藥物防治諮詢中心及毒物實驗室交流學習，而中心也成為國內各類中毒事件重要的監測單位，幾位主責的醫師也先後受邀擔任政府相關部門的諮議委員或專家顧問，並出任亞太醫用毒物學會(APAMT)及亞洲毒物學學會(ASIATOX)的理事及理事長等職務。
除了有關中毒的診治、檢驗及教育宣導外，因應職業傷病的開始受到重視，臨床毒物科於1990年11月起開辦「職業醫學特別門診」；之後於1992年起獲行政院衛生署撥款補助成立「職業病防治中心」，至2001年止。2002至2006年期間則承接行政院勞委會(今勞動部前身)成立「職業傷病診治中心」，之後因故一度中斷承接相關業務，直至2015年起再度承接勞動部「職業傷病防治中心」至今。此外為因應近年來職業醫學之日益受到重視，2013年11月將科名更改為臨床毒物與職業醫學科，並於同12月由楊振昌教授接任科主任一職。2017年11月起獨立開設「臨床毒物」與「職業醫學」等專門門診，以服務有相關需求的就醫患者。職業傷病防治中心之目標為發展職業醫學、培訓職業病專科醫師、執行職業病診斷與鑑定、協助職災病人之復配工，以及勞工作業環境的安全衛生評估與職業傷病的流行病學調查等工作。2022年10月，因應業務之日益拓展，譬如職災勞工之就診需求、臨場健康服務之業務量快速增加、中毒物質之日益多元、及新興藥物濫用的氾濫及檢驗的需求，臨床毒物與職業醫學科從內科部獨立升格為一級單位，成為職業醫學及臨床毒物部，下轄職業醫學科與臨床毒物科兩個科別，並由楊振昌教授擔任首任部主任，將持續創新研究以維持本院在國內及亞洲臨床毒物學的領先地位，此外也將致力推動榮民醫院體系職業醫學的發展，以服務更多有需求的職災勞工。
由職業醫學及臨床毒物部提供