單位沿革：
一、1959年11月本院正式開幕時即成立會計室，下設歲計股及會計股。
二、1975年4月會計室改制，改設四組：歲計組、稽核組、會計組、成本組。
三、配合行政院組織改造，國軍退除役官兵輔導委員會及所屬機構於2013年11月1日啟動新機關組織架構，本院由原會計室改為主計室至今，仍設四組：歲計組、稽核組、會計組、成本組。
業務簡介：
一、本院年度預﹙概﹚算之擬編及送審、年度預算之實施計畫及收支估計表編報、資本支出計畫執行管制及表報編報、經常門之額度分配作業及經常支出﹙不含用人費﹚之執行管制、年度保留預算之彙辦、對經費支用、效益等執行有無不當及不經濟支出之審核事項、立法院預算審議備詢資料之研擬與彙整、院內研究計畫經費執行管制。
二、本院年度經費收支等會計審核事項、現金、票據、證券等處理程序及保管情形之查核事項、採購案件之監辦事項、本院財物收支之查核事項、年度預算用人費支用審核事項、呆帳轉銷之查核處理事項、兼辦主計人事業務。
三、本院各項會計傳票及會計報告之編製事項、年度決算之編報及處理事項、會計簿籍之登記與帳目之處理事項、會計科目之修訂與建議、財產統制帳之核對處理事項、會計憑證之整理與保管事項、會計憑證、帳籍銷燬之處理事項、審計部財務收支審核通知事項之彙報。
四、成本會計策劃、建議及推行與專案研發事項、各單位損益報表編製及處理事項、醫療作業項目之成本分析及成本檔資料維護、經營管理成本資訊提供及分析、統計業務辦理事項。
特殊事蹟：
一、臺北榮總2019年度第1屆精實行政圈所提主題「提升衛材經費結報作業時效」獲佳作獎。
二、輔導會醫療基金對所屬醫療機構主計業務績效考評，2019年第2季、第4季、2020年第3季，臺北榮總主計室於三所榮總排名第一名。
三、提報「提高年度資本支出執行率之變革」於2020年8月28日榮獲2019年主計業務創新變革精進第二類經評定進入複審，獲頒獎狀及獎金。