臺北榮民總醫院於1959年11月1日開幕，但在同年的3月1日本部已先行開始收容作業。當時醫務部門下設九部，其中包括結核病部，除以四個病房共184床位收容會屬各結核病院病患，並特設結核病管制小組，聘管制醫師10人及卡片管理員2人限期清理及治療各榮民醫院結核患者。當時結核病部掌理之醫療事項除收容輔導會各肺結核病院診斷不明、無法治療或認為需要手術者外，並對會屬五家榮民醫院：嘉義、埔里、員山、蘇澳、及鳳林約六千餘位病人，採取徹底檢查治療與追蹤管制。
1962年6月本院結核病部更名為胸腔部，下設結核科、非結核科、心理衛生教育科。除收療一般胸腔疾病患者之外，並繼續兼理會屬結核病患之醫療策劃及管制工作。1967年本部更改組織編制，下設一般胸腔病科、肺結核病科。1975年增設胸腔病診斷中心，1979年內科部肺功能室歸撥至本部，直至目前，本部共有一般胸腔科、呼吸感染免疫科、臨床呼吸生理科、呼吸治療科及胸腔腫瘤科。
就長期目標，本部規劃聯合其他東亞國家醫學中心，形成東亞肺癌研究聯盟，進行大型區域肺癌臨床試驗，並持續研究發展睡眠障礙，哮喘病、慢性阻塞性肺病、肺結核、急性肺損傷、重症醫學及介入性治療等。規劃建立呼吸學研究發展中心，結合基礎科學、臨床與基礎呼吸學與相關產業，提供前瞻性研究發展平台。
節錄自臺北榮總官網