本院於1971年在國科會指示下設立針灸研究委員會，1974年開放針灸門診，隸屬於復健醫學部，並於1977年改制為獨立一級醫療單位針灸科，再於1989年10月奉行政院衛生署指示修編為傳統醫學研究中心迄今。早年雖曾聘有傳統中醫師為顧問，並進用西、中、牙醫系畢業住院醫師，且曾鑽研各國另類醫療和能量醫學，然一直以西醫師主持之針灸門診為教學服務內容。在長官的大力支持與愛護下，自1998年5月起，衛生署特函許本中心可同時接受西醫系和中醫系醫師之職業登錄，為未來的發展前景開拓出更寬廣空間。2002年12月開始提供中醫內科門診服務，藥劑部並配合成立中藥局。2007年改名傳統醫學科，2013年升格為傳統醫學部，下設一般中醫科和整合醫學科。我們每週提供20個中草藥門診和20個針灸診所。 每月診治約7000人次，擁有中西醫結合的乳腺癌門診、老年病門診、老年病門診、中醫婦科、失眠或體重控制專科門診。 夏季提供三伏貼服務。 還有耳磁珠、遠紅外線和SSP療法。也提供中風、腦損傷和癌症的住院患者提供諮詢服務。
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