本院「硼中子捕獲治療中心」於2025年8月18日上午舉行動工典禮，預計於2027年完工啟用，屆時本院將成為全球"極"少數同時擁有「重粒子治療」與「硼中子捕獲治療」全方位尖端放射技術的醫療機構，
本院與國立清華大學合作進行硼中子捕獲癌症治療（Boron Neutron Capture Therapy，簡稱BNCT），可追溯自2010年8月11日開始第一例，迄今已治療超過600位病人，針對復發性頭頸癌及腦部腫瘤治療成效良好，對於骨肉瘤、脊索瘤及乳癌療效亦佳。考量清大原子爐終有除役的一天，爰院方著手規劃興建。幸承蒙漢民科技創辦人兼董事長黃民奇先生斥資新台幣12億元，慷慨捐贈國立陽明交通大學加速器型硼中子捕獲治療設備，並委由禾榮科技建置於臺北榮總，期許完工啟用後，嘉惠更多海內外的癌症病人。
陳威明院長強調，硼中子捕獲治療中心的興建，不僅是臺北榮總在精準放射治療領域的重要里程碑，更象徵臺灣癌症治療進入全方位、個人化與高效能的新時代。
國立陽明交通大學楊慕華副校長代表宣讀林奇宏校長賀詞，強調2024年10月22日，三方簽署捐贈後，經審慎規劃評估設計，硼中子捕獲治療中心終於正式動工，期望由學界、醫界及產業界緊密合作，共同打造世界級的BNCT中心，達成幫助臨床教學以及促進癌症研究多重目標，與國際醫療接軌。
硼中子捕獲癌症治療（BNCT）是利用腫瘤對於含硼藥物會選擇性攝取的特性，再利用中子引發放射反應的治療方法，結合標靶治療與放射治療的優點。基本概念是利用硼-10同位素的中子捕獲反應來選擇性地摧毀癌細胞，卻又不影響正常組織細胞，提供精準癌細胞內標靶放射治療。
李偉強副院長表示，從開始第1例復發性頭頸癌臨床試驗至今，已將適應症範圍從過去無法治療的復發性頭頸癌與腦瘤，擴展至胸腔、腰椎及腹股溝區附近的病灶，包括瀰漫性中線神經膠細胞瘤、復發性三陰性乳癌、復發性肺癌、間葉性軟骨肉瘤、復發性骨肉瘤、復發性惡性肉瘤、復發性脊索瘤和復發性黑色素瘤等，展現BNCT在多種癌症治療上的潛力。
重粒子及放射腫瘤部劉裕明主任指出，本院放射腫瘤團隊於2010年即與國立清華大學合作，針對無法切除且光子放療無效的患者，開展復發性頭頸癌臨床試驗，結果充分顯示BNCT對抗癌細胞的威力。根據在清大恩慈治療的經驗與國外文獻，對於輻射抗性較高的黑色素瘤，也有機會達到不錯的腫瘤抑制效果。也期待國產加速器硼中子捕獲治療系統持續發展，加速探索此技術的潛力，造福更多需要的患者，展現出與國際指標機構同步的治療實力。