本院與衛生福利部所屬十家醫院(包括基隆、臺北、桃園、苗栗、花蓮、玉里、臺東等七家部立醫院及樂生、桃園、八里等三家療養院)於2023年5月1日簽署醫療合作意向書，由陳威明院長、衛生福利部附屬醫療及社會福利機構管理會(簡稱醫福會)林慶豐執行長代表簽署，未來雙方將藉由人才與技術交流合作，提升醫療水準及照護品質，讓全國民眾都能享有醫學中心等級高品質的醫療服務。
本院與衛福部所屬多家醫院過去已簽訂多項合作，關係十分密切。心臟外科自2017年起長期支援部立桃園醫院；心臟內、外科自2019年起支援基隆醫院門診、手術及檢查，造福基隆地區居民；2021年開始，精神科醫師支援八里療養院，促使新北地區精神醫療網業務更加完善；日前更與臺北醫院簽定兒童外科的醫療合作支援；另，金門醫院近期滿意度調查創歷史新高，就是與衛福部合作成功之典範。
爾後本院、七家分院及金門醫院，將與衛福部所屬十家醫院共同守護全國每一個角落的醫療，嘉惠國人健康。