2003年3月國內首度爆發SARS疫情，本院不但成立工作小組及協調中心，並將長青樓騰空改建為SARS專責負壓隔離病房56床，連同中正樓感染科、胸腔科收治SARS病床，共116張，全力救治病人。SARS期間收治病患280位，設立發燒篩檢中心，制定工作守則，嚴密監督，對SARS疫情控制貢獻卓著。