2011年7月本院於經濟部舉辦的「百大臺灣品牌」選拔中脫穎而出，在「醫療保健」類別中榮獲入選。林院長芳郁當日假外貿協會接受行政院吳院長敦義的頒獎表揚。「臺灣百大優良品牌」選拔是首度由官方舉辦的國內優良品牌選拔活動，吳院長敦義致詞時表示，得獎的品牌是從125萬家企業中選出，代表臺灣經濟成長的歷程，而這些品牌必需符合「受尊敬」、「守信用」、「受歡迎」的要件。
「臺灣百大優良品牌」選拔首度由官方舉辦的國內優良品牌選拔活動，由經濟部國貿局委託外貿協會舉辦，選拔過程嚴謹，由504位專業經理人及全國1202份民眾問卷選出心目中的優良品牌，再由41位產官學專家評選出最後的100大品牌。在醫療項目中慈濟、長庚和本院三家醫院獲選，殊為難得。