1968年，本院為因應醫療的進步與社會對急診醫療需求，以及與日俱增的急診病人，而成立急診室，由於當時急診醫學界並未建立專科醫師制度，因此急診室主任由各科部主任輪調兼任。1986年，李建賢醫師擔任第十二任主任後，國內首創於國立陽明大學醫學院醫學系開設急診醫學課程，將急診醫學納入醫學系必修科目之一，俾使醫學生開始即建立急診醫學的概念。
1989年中正樓完工啟用後，急診室遷入中正樓的一樓現址，並正式將急診室升格為急診部，除了擴充硬體設備外，同時增加人員的編制，並引進歐美先進國家的急診醫療體系，建立檢傷分級制度與急診各種品質指標，大大提昇本院的急性與急救醫療品質。1990年藉由中正樓頂樓停機坪使用，開始執行國內、離島、與偏遠地區空中緊急醫療救護，是山地與離島急重症病患的首選後送醫院。
1994年在院方致力於病患照護與急救品質的考量下，肩擔起全院急救小組的主要負責部門，建立全院周知的「6969」啟動急救系統。1995年因應時勢需求，本部啟國內之先驅正式成立急診加護中心 (EICU)，充分貫徹先急救、後加護、再分科的理念，以完整醫療團隊、精良設備與優良的品管指標及靈活運作團隊來收住急性嚴重之病患。1996年，急診外科與美國外科醫學會及中華民國外科醫學會和急救加護醫學會，將創傷急救技術及觀念引進國內。
1997年3月，支援本院資訊室與金門縣立醫院進行遠距醫療作業，配合遠距會診醫療網工作，連絡相關專科醫師爭取會診時效，解決金門地區最急迫需要支援之急診醫療。1999年起，配合衛生署計劃，協助台北地區緊急醫療網「到院前緊急醫療救護」之雙軌計劃，實施雙軌制緊急救護，出動醫護人員至現場進行到院前死亡個案之救護，提昇大台北區緊急醫療品質。
1999年，921大地震，本部率先參與救難行列，配合本院救難隊進扎嚴重受難地區做災後醫療照顧與重建工作。2002年，成立創傷登錄系統，同時建立遠距醫療，毒藥物及化學與輻射傷害之醫療照顧設施，及災難應變系統。2003年歷經SARS之衝擊，本部在院長及李建賢主任之領導下成功度過危機，收治大量病患，並全力支援SARS專責國軍松山醫院醫療業務。
2003年，李建賢主任鑑於急重症醫學在台灣發展的重要性，首開國內之先，於國立陽明大學醫學院成立急重症研究所。同年6月，實施「無片化」影像系統（PACS），在影像品質與速度提升後，更能加速看診效率，提升急診醫療診察品質。
2015年，在最短時間內動員超過兩百位醫療人員，為八仙塵爆案件啟動大量傷患應變措施。2017年成立災難醫學科，負責各式災難緊急應變、規劃及人員訓練。2021年，逢COVID-19疫情蔓延，本部肩負篩檢、隔離、診治，更支援院外大規模採檢任務，守住防疫最前線。
本部積極強化急重症醫療照顧品質，進而提昇急診臨床醫療、教學、與研究人才素質，更肩負急診醫學未來教育之發展，以及急診醫療領域領導人才之培育。
節錄自本院官網